血清标志物数据库推荐_数据库使用指南_实用技巧

对于一个疾病的诊断而言，其金标准都是病理检测等有一定有创性的指标检测，这种检测方法对于患者损伤极大，所以如果能在血液当中找到一个疾病相关的诊断指标的话，那对于诊断和随访而言就很有方便的。今天就给大家介绍两个用于筛选诊断标志物的数据库。

AAgMarkers(http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/AAgMarker/index.jsp)以及BBCancer(http://bbcancer.renlab.org/）

AAgMarkers

AAgMarkers是一个利用蛋白组芯片来寻找不同疾病之间血清学标志物的数据库。AAgMarkers目前支持12种疾病，分别是: 急性髓性白血病(AML)、阿尔茨海默病、基底样乳腺癌、Behcet's Disease 、早期帕金森病、肾移植、脑膜瘤、骨髓增生异常综合征、帕金森病、原发性胆汁性肝硬化、1型糖尿病和2型糖尿病

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这个数据库包括两种检索模式：具体蛋白检索和疾病所有数据查看。

具体蛋白搜索

输入

我们需要数据的是 想要检索的蛋白同时选择想要查询的疾病即可。

我们输入PTCD2并在所有疾病中检索。

输出

首先得到的是这个蛋白在各个数据库中有差异的结果。同时也提供了下载的地方。

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我们点击每个疾病前面的蛋白链接，可以得到其具体信息，其中主要包括：

蛋白的信息

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所有分析的数据库信息

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这个蛋白作为biomarker的具体信息以及相关分析的图形

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疾病所有数据查看

由于数据库就只支持12种疾病，所以，我们只需要选择自己想要查看的数据库就行。

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例如，我们点击: "Acute Myeloid Leukemia"。就可以看到所有的数据结果，同时选择下载就可以下载所有的结果了。

下载

这个数据库也提供了Download功能。

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但是原始数据的下载和之前那个 疾病所有数据查看 的结果是一样的。并不是原始数据的那种。所以如果想要原始数据在分析点儿什么的话，只能去GEO里面找相关数据集了。

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BBCancer

首先从名字来说，这个数据库做的就是肿瘤相关的指标检测。这个数据库一共包括15种肿瘤的结果。另外的话，上面的数据库数据来源是蛋白质谱芯片，做的也是蛋白相关的指标。这个数据库使用的数据则是血液的二代测序或者芯片数据，所以找的是6种不同的RNA作为指标：分别是 messenger RNAs(mRNAs), Long non-coding RNAs(lncRNAs), microRNAs(miRNAs), circular RNAs(circRNAs), tRNA derived fragments(tRFRNAs) and Piwi-interacting RNAs(piRNAs) 。